食用菌的獨特生產方式和不同于高等植物的子實體組織結構，要求生產者不能在子實體生長階段噴灑化學藥劑，必須把“防”放在第一位。采取“預防為主、綜合防治”的方針，減少化學農藥的使用，提高產品質量安全水平，采取綜合防治措施控制病蟲危害。
針對食用菌的栽培特點，其病蟲害綜合防治措施主要有：
切斷病蟲害傳播途徑
食用菌栽培中病蟲害的來源途徑有三條：一是菌種帶蟲，帶病源；二是培養料和覆土帶蟲、帶病源；三是菇房（棚）內外自然傳播。切斷這三條傳播渠道是病蟲害綜合防治的重中之重。
環境控制 減少病蟲害發生
1.降低料溫：如雙孢菇發菌料溫控制在21℃以下，可有效防治胡桃肉狀菌；金針菇發菌溫度控制在20℃以下；平菇菌袋在20℃以下可以防止菌袋污染。
2.加強通風換氣。通風換氣是最好的空氣消毒方式，切勿造成悶濕的出菇環境，不通風有百害而無一利。
3.光線調節。不同品種有不同的光照度要求。如雙孢菇應偏暗一些，而白靈菇則需要強一些。
農藝防治措施
不同的土壤有不同的微生物區系，不同的生態環境有不同的生物群落。實踐表明，土棚栽培一般頭年好，二年差，原因就是土棚的生態環境越來越差，也就是說病菌多了、蟲害多了、空氣質量也不好了。為此，必須改善生態條件，優化出菇環境，減少和降低病蟲害的發生。
化學防治
化學防治一般用于預防措施，在出菇期間禁止使用藥劑防治，因為子實體的組織結構容易產生殘毒，影響食用和出口。因此，在出菇期間禁止使用藥劑防治，即使萬不得已使用，只能在出菇前噴施，而且最好使用植物制劑、苦堿素等。
